故事接续《神偷奶爸》之后，坏蛋神偷格鲁为了沾染三位口爱到不行的女儿们-妮妮、娜娜与娣娣，在天下失职室开设工厂改卖果酱和果冻，聚首金盆洗手矫正在家当好奶爸。没想到以纪毕谷为首领，专门关于抗全球犯法的高秘密组织，却找上门来，格鲁只好重返奔跑的世界，带领众名小小兵，伙同一天到晚惹他增加的菜鸟新关于误露西，携手看法一连串超级罪案。 　　只是在格鲁倾力揪出新一代犯法天王的同时，女儿安安强烈干枯到，这个是比偏向的家庭需要一个妈妈、而认为格鲁超酷的蒂蒂，也因爸爸结束坏蛋之路而大失所望，彼外，开始慎重同龄男生的毛毛，则让格鲁如临大友……彼主除了苍莽疑似外星人诱拐事件，小小兵也将碰到天大麻烦，已经升格为奶爸的格鲁，该如何拯救化解危机？