在「未来日记」的故事中，主角天野雪辉是个有点孤僻的少年，喜欢将发生的事情记录在手机中，唯一的朋友是存在于自己幻想中的Deus。但某一天，他的手机中突然记录了今后90天将会发生的事，并且记录了自己「死亡」的记述！原来雪辉那所谓的朋友Deus就是掌管所有时间与空间的神——时空王—Deus·X·Machina。Deus在雪辉及另外11位持有人的手机上植入不同类的「未来日记」，并要求他们利用「未来日记」互相对决，最后能存活下来的人将会取代Deus成为新一代的神。在这场互相厮杀的对决中，随著剧情的深入，故事中各种的谜团及阴谋也渐渐浮出水面。